العلاقات الإندونيسية الماليزية هي علاقات ثنائية خارجية بين إندونيسيا وماليزيا، وهي واحدة من أهم العلاقات الثنائية في جنوب شرق آسيا.
تُعد إندونيسيا وماليزيا دولتين متجاورتين تتشابهان في العديد من الجوانب. تملك الدولتان العديد من السمات المميزة المشتركة، بما في ذلك الأطر الموحدة للمراجع في التاريخ والثقافة والدين. توجد أيضًا العديد من التشابهات الراسخة بشكل كبير بين الدولتين، وذلك على الرغم من أنهما دولتان منفصلتان ومستقلتان. ترتبط لغاتهما الوطنية، اللغة الإندونيسية واللغة الماليزية، ارتباطًا وثيقًا وتُعتبران لغتين واضحتين بشكل متبادل، ويُعد كلاهما سجلات موحدة للغة الملايو. كان أغلب السكان في البلدين من أصول أسترونيزية، وكانتا دولتين بأغلبية مسلمة، الأعضاء المؤسسون للأسيان والإبيك، وأعضاءً في حركة عدم الانحياز أيضًا، ومجموعة الدول الثماني الإسلامية النامية، ومنظمة التعاون الإسلامي.
انتقل البلدان من خلاف دبلوماسي إلى آخر على الرغم من اشتراكهما بالعديد من أوجه التشابه المرتبطة بدين مشترك، ولغة، وقرب، وتراث ثقافي ناشئ منذ قرون. تحركت إندونيسيا وماليزيا منذ الاستقلال في اتجاهات مختلفة في تنميتهما السياسية والاقتصادية والاجتماعية، فأدى ذلك في بعض الأحيان إلى خلق توترات ثنائية شديدة. ازدادت المشاكل بين البلدين بسبب الوتيرة غير المتكافئة للديمقراطية فيهما على مدى العقود الماضية. كُبِحت وسائل الإعلام التي تسيطر عليها الحكومة الماليزية من الإبلاغ عن القضايا الحساسة المتعلقة بإندونيسيا. لعبت وسائل الإعلام الليبرالية الإندونيسية دورًا رئيسيًا في تأجيج التوتر من ناحية أخرى.
لدى إندونيسيا سفارة في كوالالمبور وقنصليات عامة في جوهر بهرو، وجورج تاون وكوتا كينابالو وكوتشينغ. لدى ماليزيا أيضًا سفارة في جاكرتا وقنصليات عامة في ميدان (سومطرة) وبيكانبارو وبونتياناك.