العلاقات بين إسرائيل واليابان بدأت يوم 15 مايو 1952، عندما اعترفت اليابان بإسرائيل، فقامت إسرائيل بفتح مفوضية فيها. وفي عام 1954 تولى السفير الياباني في تركيا دوراً إضافياً في إسرائيل. في عام 1955 افتتح المفوضية اليابانية مع الوزير المفوض في تل أبيب. في عام 1963 إزادات العلاقات لمستوى سفارات وبسبب تبعية الطاقية اليابانية فالعلاقات مع الدول العربية والمسلمة لها أولوية على إسرائيل. إلا أنه منذ سنة 1980 بدأت العلاقات تزداد إزدياداً ملحوظاً بسبب إنخفاض إعتماد اليابان على النفط العربي.
حتى تسعينيات القرن العشرين، كانت العلاقات التجارية لليابان مع الدول الأعضاء في جامعة الدول العربية ومعظم الدول ذات الأغلبية المسلمة لها الأسبقية على تلك التي تربطها بإسرائيل. ومع ذلك، نظرًا لانخفاض سعر النفط في أوائل عام 2015، بالإضافة إلى التحول السياسي الداخلي في اليابان، سعت الدولتان إلى زيادة العلاقات العلمية والاقتصادية والثقافية، لا سيما في مجال الشركات الناشئة ذات التكنولوجيا العالية والتعاقدات الدفاعية. منذ منتصف العقد الأول من القرن الحادي والعشرين، تعززت العلاقات بين إسرائيل واليابان بشكل كبير، وشملت عددًا لا يحصى من الاستثمارات المتبادلة بين البلدين. زار رئيس الوزراء الياباني السابق شينزو آبي إسرائيل مرتين - مرة في عام 2015 ومرة ثانية في عام 2018. بلغ إجمالي حجم التجارة بين البلدين 3.574 مليار دولار اعتبارًا من عام 2022. في عام 2021، كان هناك 1156 مواطنًا يابانيًا يعيشون في إسرائيل و589 إسرائيليًا يعيشون في اليابان في القرن الحادي والعشرين، ركزت العلاقات الإسرائيلية اليابانية على التعاون في المجالات العلمية والتكنولوجية، بالإضافة إلى التعاون الدفاعي. وقد حظيت اليابان بفرصة أكبر للوصول إلى قطاع التكنولوجيا المتقدمة الإسرائيلي، مما ضمن لها الحصول على مزايا ورأس مال بشري إسرائيلي ومواهب للمشاريع التجارية اليابانية الخاصة والعامة. كما حصدت إسرائيل استثمارات كبيرة في هذا القطاع نفسه.