العلاقات الأفغانية الباكستانية هي العلاقات بين إمارة أفغانستان الإسلامية و جمهورية باكستان الإسلامية. يشترك البلدان الجاران بالروابط التاريخية والثقافية العميقة. وأصبح كلاهما عضوًا في رابطة جنوب آسيا للتعاون الإقليمي. توترت العلاقات بين البلدين منذ عام 1947، عندما حصلت باكستان على الاستقلال، وكانت أفغانستان الدولة الوحيدة التي صوتت ضد قبول باكستان في الأمم المتحدة. بدأت أفغانستان على الفور بتسليح الحركات الانفصالية في باكستان الحديثة، وقدمت ادعاءات وحدوية لضم مساحات واسعة من الأراضي الباكستانية، فأدى ذلك إلى عدم تطبيع العلاقات بين البلدين. ازدادت حدة التوترات مع العديد من القضايا المتعلقة بالحرب في أفغانستان (1978-إلى الآن)، ومع ملايين اللاجئين الأفغان الذين لجؤوا إلى باكستان منذ بداية تلك الحرب.
كانت العلاقات الثنائية بين البلدين ضعيفة، إذ بدأت فورًا بعد أن أصبحت باكستان مستقلة في أغسطس عام 1947. كانت أفغانستان البلد الوحيد الذي صوت ضد انضمام باكستان إلى الأمم المتحدة في عام 1947، وذلك بسبب الاستياء الأفغاني من ديمومة خط ديورند. وضعت أفغانستان على الفور ادعاءات وحدوية لضم الأراضي التي يسيطر عليها البشتون داخل باكستان، وطالبت بإعادة التفاوض على الحدود بهدف تحويلها شرقًا إلى نهر السند داخل الأراضي الباكستانية. دعمت أفغانستان ماديًا الحركة الانفصالية المسلحة الفاشلة بقيادة ميرزالي خان ضد باكستان بعد وقت قصير من الاستقلال الباكستاني. منع دعم أفغانستان الفوري للحركات الانفصالية داخل باكستان نشوء علاقات طبيعية بين الدولتين.
نشرت حكومة أفغانستان في عام 1952 مخطط أرض لم تطالب فيه فقط بإقليم البشتون داخل باكستان، بل وأيضًا بإقليم بلوشستان الباكستاني. قُطِعت العلاقات الدبلوماسية بين عامي 1961 و1963 بعد أن دعمت أفغانستان المزيد من الانفصاليين المسلحين في باكستان، فأدى ذلك إلى نشوب مناوشات بين الدولتين في أوائل عام 1960، وإغلاق باكستان لاحقًا لميناء كراتشي أمام تجارة الترانزيت الأفغانية. أصبح محمد داود خان رئيسًا لأفغانستان في عام 1973، واتبعت أفغانستان بدعم سوفيتي سياسة تسليح الانفصاليين البشتون داخل باكستان.
اتهم الجيش الباكستاني أفغانستان بإيواء مختلف الجماعات الإرهابية التي تشن هجمات على باكستان، واتهمت السلطات الأفغانية وكالة الاستخبارات الباكستانية بتمويل أمراء الحرب وطالبان، وبتأسيس معسكرات إرهابية داخل الأراضي الباكستانية لاستهداف أفغانستان. توجد مشاعر كبيرة معادية لباكستان في أفغانستان، وتنتشر المشاعر السلبية تجاه اللاجئين الأفغان على نطاق واسع في باكستان، حتى في المناطق التي يسيطر عليها البشتون.
وصف الرئيس الأفغاني السابق حامد كرزاي (2004-2014) باكستان وأفغانستان بأنهما «أخوان لا ينفصلان»، وزعم أيضًا أن باكستان تستخدم الإرهاب ضد أفغانستان، وذلك بسبب الصلات الدينية والتاريخية والعرقية اللغوية بين شعب البشتون والمجموعات العرقية الأخرى في كلا البلدين، وكذلك العلاقات التجارية وغيرها. يتميز كل من البلدين بأنهما من بين أكبر الشركاء التجاريين لبعضهما، وتعمل باكستان قناة رئيسية لتجارة الترانزيت ومن ضمنها أفغانستان غير الساحلية.