وفقًا لمشروع تكاليف الحرب، فقد قُتل خلال الحرب في أفغانستان 176,000 شخصًا، منهم 46,319 مدنيًا، و69,095 عسكريًا وشرطيًا، وما لا يقل عن 52,893 من مقاتلي المعارضة. بالرغم من ذلك، فمن المحتمل أن يكون عدد القتلى أعلى إذا أُخذ بعين الاعتبار الوفيات غير المحسوبة لعوامل «المرض، وفقدان الوصول إلى الغذاء، والمياه، والبنية التحتية، و/أو غيرها من النتائج غير المباشرة للحرب». وفقًا لقاعدة بيانات أوبسالا للصراع، فقد أفضى الصراع إلى مقتل 212,191 شخصًا.
في العام 2011، بدأت الحرب، التي أطلقتها الولايات المتحدة تحت تسمية «عملية الحرية الدائمة»، بحملة قصفٍ جوية أولية أثارت من فورها مخاوفَ بخصوص عدد المدنيين الأفغان الذين قُتلوا. وفقًا لبعثة الأمم المتحدة للمساعدة في أفغانستان، يُعزى مقتلُ غالبية الضحايا المدنيين إلى الطالبان وغيرها من الجماعات المناهضة للحكومة كل عام، وتتراوح النسبة بين 61% و80% حسب السنة المحددة. ارتفعت نسبة الوفيات بين المدنيين بشكلٍ أكبر في المرحلة الأخيرة من الحرب، إذ تجاوزَ كلٌّ من عامي 2015 و2016 على التوالي كافة الأرقام القياسية لنسبة وفيات المدنيين السنوية. وتُعدّ الخسائر في صفوف المدنيين استمرارًا للخسائر الفادحة في صفوف المدنيين خلال الحرب السوفيتية في أفغانستان في ثمانينيات القرن العشرين، والفترات الثلاث التي شهدت الحرب الأهلية التي أعقبتها: 1989 – 1992، و1992 – 1996، و1996– 2001.