يعود تاريخ الحزب الشيوعي الأندونيسي إلى أواخر وجود الاستعمار الهولندي في الجزر الأندونيسية. ففي أواخر القرن التاسع عشر وأوائل القرن العشرين الميلادي، واجهت هولندا حركة إسلامية وطنية تعارض التسلط الأجنبي الصليبي وتحاربه، وعجزت السلطات الاستعمارية الهولندية عن مواجهة المد الإسلامي التحرري، وأخذت تشاهد برعب تعاظم التيار الإسلامي الذي وصل إلى قمته في ذلك الوقت بقيام أول منظمة إسلامية باسم شركت داقنغ اسلام وأعلن تشكيلها رسمياً عام 1906.
ولم تتمكن هولندا بكل الوسائل المتوفرة لديها من أن توقف ذلك التيار الإسلامي الكاسح، وكانت تراقب بقلق بالغ العلاقات القائمة بين سلطات آتشيه بشمال سومطرة وبين الخلافة التركية وهو أمر أزعج هولندا وأرعبها نظراً لكون تركيا على علاقة حسنة بألمانيا وهو أمر قد يعني أن أية ثورة تندلع في الجزر الأندونيسية ضد الوجود الاستعماري الهولندي لن تعتمد على العون من تركيا فحسب، بل إن ألمانيا ستشارك في تقديم العون أيضا، وهو أمر لا ترغب به هولندا بالطبع. فقامت يالخطوات اللازمة لبدء حركة شيوعية قوية في أندونيسيا حاولت الإطاحة بالحكومة الاندونيسية بعد الاستقلال من خلال انقلاب عسكري واصبحت لاحقا من الاحزاب القوية.