دين الدولة في باكستان هو الإسلام، ويعتنقه 96.28% من سكانها. يضمن الدستور الباكستاني حرية التدين، وهي حق أساسي للمواطنين الباكستانيين بغض النظر عن دينهم. يعتنق بقية السكان (4%) الهندوسية والمسيحية والأحمدية والسيخية والبهائية وأديانًا أخرى.
يتألف المسلمون من مجموعة من الفِرَق: معظمهم من المسلمين السنّة (يقدر بنحو 75–95%)، وبعضهم من الشيعة (5–15%). مذهب معظم المسلمين السنة في باكستان هو المذهب الحنفي. ينتمي معظم المسلمين الشيعة في باكستان إلى الشيعة الاثني عشر، ومنهم أقلية معتبَرة تعتنق الإسماعيلية، وهم مؤلفون من النزارية (الآغاخانيين) والمستعلية والبهرة الداوودية والسليمانية وغيرها.
تواجه الأقليات الدينية في باكستان عادةً مقدارًا كبيرًا من التمييز ويعانون مشكلات منها العنف وسوء استعمال قانون الكفر. وادُّعي أنه منذ عام 1947، انخفضت نسبة الأقليات الدينية من 23% إلى 3.7% من السكان، بسبب الهجرة الجماعية لنحو 5 ملايين هندوسيًّا وسيخيًّا إلى الهند عام 1947 وانفصال باكستان الشرقية (وتسمى الآن بنغلاديش) عام 1971 إذ كانت تحوي نحو 22% من أقليات باكستان، فلم يبق في غرب باكستان إلا نحو 1.6% من الأقليات.
وحسب الإحصاء الذي جرى عام 1998، فإنه عدد الهندوس في باكستان أقل من مليونين ونصف. قدّر المجلس الباكستاني الهندوسي عدد الهندوس في باكستان بنحو 8 ملايين في أكتوبر 2019.