يتميز الدين في الفلبين بأن الغالبية العظمى من الأشخاص تتبع الدين المسيحي. ما لا يقل عن 92% من السكان مسيحيون؛ ينتمي نحو 81% إلى الكنيسة الكاثوليكية بينما ينتمي نحو 11% إلى البروتستانتية، والأرثوذكسية، والترميمية، والكاثوليكية المستقلة، وغيرها من الطوائف مثل الكنيسة الفلبينية المستقلة، وإغليشا ني كريستو، وكنيسة مجيئيو اليوم السابع، وكنيسة المسيح المتحدة في الفلبين، وأعضاء كنيسة الله الدولية، والإنجيليين. الفلبين هي دولة علمانية رسميًا، إذ يضمن الدستور الفصل بين الكنيسة والدولة، وتلزم الحكومة احترام جميع المعتقدات الدينية على قدم المساواة.
وفقًا لاستطلاعات الرأي الدينية الوطنية، إن نحو 5.6% من سكان الفلبين هم من المسلمين، الأمر الذي يجعل الإسلام ثاني أكبر ديانة في البلاد. مع ذلك، ذكرت تقديرات عام 2012 للجنة الوطنية لمسلمي الفلبين أن هناك 10.7 مليون مسلم، أو ما يقارب 11% من مجموع السكان. يعيش أغلب المسلمين في أجزاء من مينداناو، وبالاوان، وأرخبيل سولو، وهي منطقة تُعرف باسم بانجسامورو أو منطقة مورو. هاجر بعضهم إلى المناطق الحضرية والريفية في أنحاء مختلفة من البلد. يمارس معظم الفلبينيين المسلمين الإسلام السني وفقًا لمدرسة الشافعي. بعض من المسلمين يتبعون الجماعة الأحمدية.
يمارس دينَ الأسلاف، وهو الدين التقليدي للفلبينيين الذي سبق المسيحية والإسلام، ما يُقارب 2% من السكان، وهم العديد من الشعوب الأصلية، والجماعات القبلية، والأشخاص الذين عادوا إلى الديانات التقليدية من الديانات الكاثوليكية/المسيحية أو الإسلامية. تتوافق هذه الأديان غالبًا مع المسيحية والإسلام. أما البوذية، فتمارسها نسبة 2% من السكان من المجتمع الياباني الفلبيني. يُمارَس دين الأسلاف أيضًا في المجتمعات الصينية بالإضافة إلى الطاوية والدين الشعبي الصيني. هنالك عدد أقل أيضًا من أتباع السيخية والهندوسية. إن أكثر من 10% من السكان غير متدينين، وتتداخل نسبة غير المتدينين مع مختلف الأديان إذ تختار الغالبية العظمى من غير المتدينين دينًا في التعداد السكاني لأغراض اسمية.
وفقًا لتعداد عام 2010، كان الإنجيليون يشكلون 2% من السكان، ولكن استطلاعات وبيانات عام 2010، مثل مشروع جوشوا وكتاب «عملية العالم»، قدرت عدد السكان الإنجيليين بنحو 11-13% من التعداد السكاني. هي نسبة قوية بشكل خاص بين المجتمعات الأمريكية والكورية، وفي لوزون الشمالية خاصة في منطقة كورديليرا الإدارية، وفي مينداناو الجنوبية، والعديد من الجماعات القبلية الأخرى في الفلبين. حقق البروتستانت معدل نمو سنوي كبيرًا يصل إلى 10% منذ عام 1910 وحتى عام 2015 سواءً على الصعيد الرئيسي أو الإنجيلي.