يعتنق كثير من سكّان أبخازيا المسيحية الأرثوذكسية، وتعتنق أقلية منهم الإسلام، هذا وتتزايد أعداد معتنقي الوثنية الجديدة الأبخازية، أو «الدين الأبخازي التقليدي». لم يزل تأثير هذه الوثنية قويًّا، ولكنه شهد إحياءً في تسعينيات القرن العشرين والعقد الأول من القرن الواحد والعشرين. مع حلول عام 2016، دعمت الحكومة الدين الأبخازي التقليدي، التي كانت قد مأسست كهنوته في 2012، وشاركت في ترميم واستعادة عشرات من معبده ومقدساته، حتى أصبح «مسيطرًا ومنتشرًا» أكثر من المسيحية والإسلام.
وفي أبخازيا عدد قليل جدًّا من معتنقي اليهودية وشهود يهوه، وفيها أيضا غيرُ مؤمنين. حُظرت منظمة شهود يهوه رسميا منذ عام 1995، ولو أن قرار حظرها لم يطبّق حديثا. وفقا لدستورَي أبخازيا وجورجيا فإن لمعتنقي كل الأديان حقوقا متساوية أمام القانون.