الدوري اللبناني الممتاز 1998–99 هو الموسم التاسع والثلاثين من الدوري اللبناني الممتاز، أعلى دوري كرة قدم للأندية في لبنان منذ إنطلاقه في 1933.
بدأ الدوري في 10 تشرين الأول 1998 وإنتهى في 23 أيّار 1999. تنافس فيه 12 فريقًا بينهم نادي الأنصار بطل موسم 1997–98، الذي حافظ على اللقب وحققه للمرة الحادية عشر في تاريخه وعلى التوالي، دخل بها موسوعة غينيس للأرقام القياسية لأكبر عدد للدوريات المتتالية، وتأهل به لبطولة الأندية الآسيوية 1999-00، في حين هبط ناديي الأهلي صيدا والبرج إلى الدرجة الثانية.