الدوري السوداني الممتاز 1999 (أو دوري بيبسي الممتاز لأسباب الرعاية) هو الموسم الرابع من بطولة الدوري الممتاز، حيث تمكن الهلال من الظفر باللقب للمرة الثالثة، بينما هبط ناديا شمبات وهلال الحصاحيصا،
في هذا الموسم تم تقسيم الأندية إلى مجموعتين تحتوي كل منهما على سبع أندية، ثم يتأهل أول وثاني كل مجموعة إلى المربع الذهبي. تأهل ناديا الهلال وحي العرب عن المجموعة الأولى والموردة والمريخ عن المجموعة الثانية، ثم أقيمت مباريات المربع الذهبي بنظام الدوري ولكن نادي المريخ قرر الانسحاب احتجاجاً على حكم المباراة التي لعبها مع الهلال وخسرها 1-2 ليتم اعتباره خاسراً في مباراتيه المتبقيتين أمام الموردة وحي العرب 0-2. وتوج الهلال باللقب بعد فوزه في مباراته الأخيرة على الموردة 4-1.