الدوري السعودي الممتاز 1998–1999 هي النسخة الثالثة والعشرون من الدوري السعودي الممتاز منذ استحداث المسابقة بعام 1976. لعبت المسابقة بنظام المربع الذهبي، وشارك فيها 12 فريق.
ظفر الاتحاد بلقب البطولة بعد فوزه في المباراة النهائية 1–0 أمام نظيره الأهلي، ويعتبر اللقب الثالث بتاريخه. الأندية التي هبطت إلى الدرجة الأولى هما الأنصار (بعد خسارته بمباراة تحديد الهبوط 0–1 أمام الوحدة)، وهجر.