الدوري البحريني الممتاز 2008-2009 هي النسخة الثالثة والخمسين من الدوري البحريني الممتاز. توج المحرق باللقب.
سمي دوري التصنيف بسبب دمج أندية الدرجتين الممتازة والثانية. الفرق التي ستحتل المراكز العشر الأولى ستلعب في الدرجة الممتازة في الموسم بالتالي بينما باقي الفرق ستلعب في الدرجة الثانية. الفريقان اللذان احتلان المركزين الأول والثاني يلعبان في بطولة دوري أبطال الخليج 2009-2010.