حكومة صدام حسين الثانية بدأت في 29 أيار 1994 وانتهت عند دخول القوات الأمريكية إلى بغداد في 9 نيسان 2003.
كان نظام الحكم في العراق خلال أغلب فترة حكم حزب البعث العربي الاشتراكي هو نظام رئاسي، وكان رئيس الجهورية هو نفسه رئيس الحكومة.
شغل صدام حسين منصب رئيس الجمهورية العراقية خلفا للرئيس أحمد حسن البكر في 16 تموز 1979، وبالتالي شغل منصب رئيس وزراء العراق.
بعد انتهاء حرب الكويت، كلف رئيس الجهورية صدام حسين السيد سعدون حمادي ثم محمد حمزة الزبيدي ثم أحمد حسين خضير بشغل منصب رئيس الوزراء بعدما شغل صدام حسين منصب رئاسة الوزراء منذ توليه منصب رئاسة الجمهورية عام 1979 حتى 1991.
عاد صدام حسين لتولي منصب رئيس الوزراء مرة ثانية في 29 أيار 1994، واستمرت تلك الحكومة حتى احتلال العراق عام 2003.