الحفظ في إندونيسيا (بالإنجليزية: Conservation in Indonesia) يشمل الجهود المبذولة لحماية البيئة والتنوع الحيوي الفريد في البلاد. تتمتع إندونيسيا بمعدل عالٍ من التوطن وهي غنية بالغابات المطيرة الاستوائية والشعاب المرجانية.
لعبت ممارسات حدائق الغابات التقليدية دورًا في الحفاظ على التنوع البيولوجي في إندونيسيا. بدأت جهود الحفظ الرسمية في القرن التاسع عشر خلال الحكمة الاستعماري الهولندي. وعقب الاستقلال، نفذت حكومة إندونيسيا سياسات الحفظ جنبًا إلى جنب مع الجهود الشعبية من المنظمات غير الحكومية وبالتعاون مع الزعماء الدينيين. أعلنت إندونيسيا رسميًا عن تخصيص 21.3% من أراضيها و9% من مساحتها البحريةكمناطق محمية، مع وجود أهداف لزيادة هذه النسب. إلا أن تنفيذ سياسات الحفظ في البلاد يواجه عقبات بسبب إزالة الغابات والتعدين.