في الفترة من 1986 إلى 1994 شنت مجموعة من الجماعات المتمردة حربا أهلية ضد الحكومة الأوغندية برئاسة يوري موسفني. وقد وقع معظم القتال في شمال وشرق البلاد بالرغم من أن المناطق الغربية والوسطى تأثرت أيضا. وكان أهم فصائل المتمردين الجيش الشعبي الديمقراطي الأوغندي، وجيش الشعب الأوغندي، وحركة الروح القدس التي يتزعمها أليس أوما، وجيش جوزيف كوني (الذي أصبح فيما بعد جيش الرب للمقاومة). فقد شنت عدة فصائل متمردة أصغر حجما وجماعات منشقة من الحركات الأكبر حملات خاصة بها؛ وكثيرا ما اشتبك المتمردون فيما بينهم. واستهدفت جميع الأطراف المتحاربة، بما فيها الحكومة، المدنيين وارتكبت انتهاكات لحقوق الإنسان. وخلال القتال الذي شمل عشرات الالاف من القوات تمكنت الحكومة الأوغندية من هزيمة أو إحتواء معظم الفصائل المتمردة تدريجيا. وقد تسببت العمليات في الشمال والشرق في دمار كبير وأسفرت عن خسائر كبيرة في صفوف المدنيين.
وبحلول عام 1994، كانت حركة الروح القدس والجيش الشعبي الديمقراطي في أوغندا قد تفككتا، وتم تقليص الجيش الشعبي الأوغندي إلى مجموعات صغيرة منشقة، كما ضعف جوزيف كوني وقواته على الأقل. بيد ان الوضع في المنطقة باسرها تحول جذريا في ذلك العام حيث تدخلت القوى الخارجية وبدأت تمويل حركات التمرد للإطاحة بموسفني. وانجذبت أوغندا بدورها إلى صراعات عبر الحدود في زائير والسودان. وأسفرت هذه التطورات عن عودة نشاط المتمردين إلى شمال أوغندا. وتواصل عدة مجموعات ظهرت خلال الصراع بين 1986 و1994، بما فيها جيش الرب للمقاومة الذي يتزعمه كوني، حركات التمرد حتى اليوم.