حدثت الحرب الأهلية الأفغانية في الفترة من 14 نوفمبر 1928 حتى 13 أكتوبر 1929. ثار المتمردون، وبعد ذلك حاربت قوات السقاويين بقيادة حبيب الله كالاكاني مختلف القبائل المعارضة والملوك المتنافسين في مملكة أفغانستان، من بينهم محمد نادر خان الذي كانت له أغلبية السيطرة. على الرغم من تحقيقها النجاح في البدايات، مثل الاستيلاء على كابل وهزيمة أمان الله خان في 17 يناير 1929، والاستيلاء على كندهار في 3 يونيو، هُزم السقاويون على يد قوات نادر في 13 أكتوبر 1929، ما أدى إلى صعوده كملك لأفغانستان، وحكم حتى اغتياله في 3 نوفمبر 1933.
بدأت الحرب عندما تمردت قبيلة شينواري في جلال آباد، وأطلقت بيانًا من 10 شكاوٍ، 5 منها تتعلق بتدخل أمان الله في وضع المرأة. على الرغم من قمع هذه الثورة على يد قوات بقيادة علي أحمد خان، تمكنت انتفاضة سقاوية أخرى متزامنة في الشمال من الاستيلاء على مدينة جبل السراج المحاصرة، قبل أن تهاجم كابل في 14 ديسمبر 1928. وعلى الرغم من صد أول هجوم للسقاويين على كابل، فقد نجح هجومهم الثاني في الاستيلاء عليها في 17 يناير 1929. ركزت الحكومة في ذلك الوقت على الإصلاحات الاجتماعية، مثل توسيع نطاق حقوق المرأة واعتماد مشروع عسكري، وقد أدى ذلك إلى حدوث تمرد إليزاي وتمرد خوست، اللذين قُمعا بنجاح فيما بعد. وصف كالاكاني معارضيه بالكفار، وارتكبت قواته أعمال اغتصاب ونهب.
بعد الاستيلاء على كابل، هزم السقاويون حكومة منافسة في جلال آباد بقيادة علي أحمد خان في 9 فبراير. على الرغم من انتكاستهم في معركة شيخ آباد في أوائل شهر مارس، نجح السقاويون في بسط سيطرتهم على كندهار في حزيران بعد حصار دام مدة قصيرة. بيد أنهم لم يتمكنوا من هزيمة نادر خان في وادي لوغار، الذي دخل المنطقة جنبًا إلى جنب مع أمان الله في مارس، رغم أن الأخير غادر البلد في 23 مايو. بعد جمود دام عدة أشهر، تمكن نادر خان في نهاية المطاف من إرغام السقاويين على التراجع إلى كابل في أكتوبر 1929، ثم إلى آرج. سطر الاستيلاء على منطقة آرج في 13 أكتوبر 1929 نهاية الحرب الأهلية، على الرغم من استمرار نشاط السقاويين حتى عام 1931. حدثت الحرب الأهلية بالتزامن مع العملية السوفيتية في شمال أفغانستان لمحاربة حركة بسمشي.
خلال استيلاء القوات المقاومة للسقاويين على العاصمة الأفغانية كابل، نهبت قوات نادر المدينة بناء على أوامره. بعد الحرب الأهلية، لم يتنازل نادر عن السيطرة على العرش الأفغاني مرة أخرى إلى أمان الله، وأدى ذلك إلى نشوب عدد من الثورات والتمردات، منها: تمرد شينواري، وتمرد كوهيستان، وتمرد غلزاي، وثورة مزراك. خلال الحرب العالمية الثانية، حاول أمان الله جاهدًا استعادة العرش بمساعدة قوات المحور.