الحدود الماليزية السنغافورية هي الحدود البحرية الدولية الفاصلة بين هذين البلدين الآسيويين الواقعين في جنوب شرق آسيا. تقع ماليزيا على الطرف الشمالي من الحدود، في حين تقع سنغافورة على الطرف الجنوبي. تتألف الحدود من مجموعة من الخطوط المستقيمة الواقعة بين الإحداثيات الجغرافية البحرية المحاذية أو المجاورة لأعمق قناة في مضيق جوهر.
يمتد الشطر الغربي من الحدود المتجاوز للحد المعرف في اتفاق عام 1995 إلى الجزء الغربي من مضيق سنغافورة، في حين يمتد الشطر الشرقي من الحدود متجاوزًا نهاية الحدود المعرفة وصولًا إلى الجزء الشرقي من المضيق. لا يوجد اتفاق رسمي بين البلدين لتعيين حدودهما المشتركة، وذلك باستثناء الحدود المعرفة في اتفاق عام 1995. أدى هذا إلى ظهور عدة ادعاءات متعارضة في ما بينهما. تدعي سنغافورة سيادتها على كل من الحد البحري الإقليمي الممتد لمسافة 12 ميلًا بحريًا والمنطقة الاقتصادية الخالصة، في حين تدعي ماليزيا سيادتها على الحد البحري الإقليمي الممتد لمسافة 12 ميلًا بحريًا.
كذلك سوف يتعين تحديد الجزء الجديد من الحدود البحرية الشرقية الفاصلة ما بين ماليزيا وسنغافورة حول جزيرة بيدرا برانكا بعد قرار محكمة العدل الدولية الصادر بتاريخ 23 مايو عام 2008 في ما يخص الجزيرة والذي اعترف بسيادة سنغافورة عليها. تبعد الجزيرة مسافة قدرها 24 ميلًا بحريًا (44 كم) عن أبعد نقطة جغرافية شرقية في سنغافورة ومسافة قدرها 7.7 ميلًا بحريًا (14.3 كم) عن الجهة الجنوبية الشرقية من الساحل الماليزي. هناك نقطتي عبور رسميتين تقعان على الحدود ألا وهما معبر جوهر-سنغافورة وخط الربط الثاني الواصل بين ماليزيا وسنغافورة (المعروف رسميًا باسم خط ربط تواس الثاني في سنغافورة). كذلك توجد خدمات دولية لتسيير العبارات وقوارب التموين بين بلدية بينغيرانغ الواقعة على الطرف الجنوب الشرقي من ولاية جوهر في ماليزيا ومنطقة تشانغي الواقعة على الطرف الشرقي من سنغافورة.