الحدود الأسترالية الإندونيسية هي الحدود البحرية الممتدة غربًا من الحدود البحرية ثلاثية للدولتين مع بابوا غينيا الجديدة في المدخل الغربي لمضيق توريس عبر بحر عرفورا وبحر تيمور، وتنتهي في المحيط الهندي. بيد أن «ثغرة تيمور» خرقت الحدود حيث تلتقي المياه الإقليمية الأسترالية وتيمور الشرقية وحيث يوجد مطالبات متداخلة بين البلدين لقاع البحر.
تشترك أستراليا وإندونيسيا أيضًا في حدود بحرية مشتركة في المحيط الهندي بين أراضي جزيرة كريسماس في أستراليا وجزيرة جاوة الإندونيسية.
من الخصائص المثيرة للاهتمام للحدود البحرية بين البلدين هو الفصل بين ملكية قاع البحر (الجرف القاري أساسًا) وملكية عمود المياه (المنطقة الاقتصادية الخالصة)، ولكل منهما حدوده الخاصة. تمنح ملكية قاع البحر حقوق البلد في جميع الموارد المعدنية في قاع البحر بينما تسمح ملكية العمود المائي بحقوق الصيد في البلد وحقوقه في الموارد الأخرى للمياه في المنطقة المحددة. ومع ذلك لم يتم التصديق على معاهدة 1997 الموقعة على ذلك والأجزاء الغربية من الحدود، وكذلك المعاهدة بين جزيرة كريسماس وجاوة، ولم تدخل حيز التنفيذ. وذلك لأن استقلال تيمور الشرقية تطلب تعديلات على معاهدة عام 1997 واتفاق الطرفين عليها لا يزال معلقاً.