قد يتفاعل الفلور مع الأنظمة الحيوية ضمن المركبات الحاوية لهذا العنصر، إذ توجد هذه المركبات (مثل الفلوريت) طبيعيًا ضمن المواد المعدنية. يندر وجود مركبات الفلور العضوي في الطبيعة، لكن يشيع وجود مركبات الفلوريد الصنعية التي تُستخدم في الصناعات الدوائية والمبيدات الحشرية وصناعة بعض المواد. يحوي 20% من مجمل المستحضرات الدوائية التجارية على الفلور بما فيها الأتورفاستاتينات (ليبيتور) والفلوكسيتين (بروزاك). لا ينطوي استخدام المركبات الحاوية على الفلور على أي أذية عادةً، وتكون مفيدة للكائنات الحية أحيانًا، لكنها قد تكون سامةً في حالات أخرى.
بعيدًا عن المجال الطبي، تملك المركبات المفلورة الصنعية دورًا بارزًا في العديد من القضايا البيئية، إذ تُحدث مركبات الكربون الكلورية الفلورية (من المكونات الرئيسة للعديد من منتجات البخ التجارية) ضررًا مثبتًا على طبقة الأوزون، إذ نتج عنها تطبيق بروتوكول معاهدة مونتريال على نطاق واسع. يشكل الفلور جزءًا مهمًا من هذه الجزيئات لأنه يمنحها الاستقرار ويطيل من وجودها في الطبقات الجوية رغم أن الكلورين الموجود فيها يمثل العامل المسؤول عن هذا الضرر. أدى استقرار مركبات الفلور العضوي إلى مشكلة الثباتية الحيوية. توجد الجزيئات طويلة البقيا من البخاخات المقاومة للماء (مثل حمض بيرفلورو الأوكتانويك وحمض بيرفلورو أوكتان السلفونيك) في أنسجة الحيوانات البرية والبشر في جميع أنحاء العالم، بما في ذلك الأطفال حديثي الولادة.
ترتبط القدرة الحيوية للفلور أيضًا بعدد من التقنيات المتطورة. تستطيع البيرفلوروكربونات حمل الأكسجين الكافي لدعم تنفس السائل البشري. يدخل نظير الفلور العضوي المشع F18 في صميم تقنية التصوير الطبية الحديثة المعروفة باسم التصوير المقطعي بالإصدار البوزيتروني (بّي إي تي). تنتج هذه التقنية صورًا ملونةً ثلاثية الأبعاد لأجزاء من الجسم تستهلك كميات كبيرةً من السكر خاصةً الدماغ والنسج الورمية.