أثارت هيلاري كلينتون أثناء فترة توليها منصب وزيرة خارجية الولايات المتحدة الجدل باستخدامها خادم بريد إلكتروني خاص من أجل الاتصالات العامة الرسمية بدلًا من استخدام حسابات البريد الإلكتروني الرسمية لوزارة الخارجية والمحفوظة على خوادم فيدرالية آمنة. اكتُشف أن خادم كلينتون كان يحوي أكثر من 100 بريد إلكتروني تتضمن معلومات سرية، من ضمنها 65 تعتبر «سرية» و22 «سرية جدًا». حددت وزارة الخارجية 2093 بريدًا إلكترونيًا إضافيًا لم تصنفها سريةً بأنها سرية بأثر رجعي.
أكد بعض الخبراء والمسؤولون وأعضاء الكونغرس أن استخدام كلينتون لنظام مراسلة خاص ولخادم خاص ينتهك القانون الفيدرالي، وبشكل محدد قانون الولايات المتحدة 18 لعام 1924، المتعلق بإزالة الوثائق السرية أو المواد والاحتفاظ بها بدون تفويض بذلك، إضافة إلى الإجراءات والبروتوكولات التي تنظم حفظ السجلات. ادعت كلينتون أن استخدامها يتوافق مع القوانين الفيدرالية وقوانين وزارة الخارجية، وأن وزراء الخارجية السابقون كانوا يمتلكون أيضًا حسابات بريد إلكتروني خاصة (مع ذلك كانت كلينتون وزيرة الخارجية الوحيدة التي تستخدم خادمًا خاصًا). أشارت تقارير إخبارية لكل من قناة إن بي سي وقناة سي إن إن إلى أن رسائل البريد الإلكتروني ناقشت مواضيع «غير مؤذية» وموجودة مسبقًا في المجال العام. على سبيل المثال، نوقش برنامج الطائرات التابع للسي آي إيه على نطاق واسع في المجال العام منذ أوائل العقد الأول من القرن الواحد والعشرين؛ من ناحية ثانية، يعتبر وجود البرنامج سري من الناحية التقنية، وبالتالي فإن مشاركة مقالة إخبارية تتحدث عن الموضوع يعتبر اختراقًا أمنيًا، وفقًا لوكالة الاستخبارات المركزية.
كان الجدل نقطة نقاش وخلاف رئيسية خلال الانتخابات الرئاسية لعام 2016، والتي كانت كلينتون فيها المرشحة الديمقراطية. في مايو، أصدر مكتب المفتش العام لوزارة الخارجية تقريرًا حول أنشطة البريد الإلكتروني الخاصة بوزارة الخارجية بما فيها الخاصة بكلينتون. في يوليو، أعلن مدير مكتب التحقيقات الفيدرالية جيمس كومي أن تحقيقات المكتب توصلت إلى نتيجة أن كلينتون كانت «غير مبالية للغاية» لكنه أوصى لعدم توجيه أي تهم لها لأنها لم تتصرف بنية إجرامية، وهو المعيار التاريخي لمتابعة الملاحقة القضائية.
بتاريخ 28 أكتوبر عام 2016، قبل إحدى عشر يومًا من الانتخابات، أعلم كومي الكونغرس بأن مكتب التحقيقات الفيدرالي بدأ بالبحث عن رسائل بريد إلكتروني مكتشفة حديثًا. بتاريخ 6 نوفمبر، أخبر كومي الكونغرس أن مكتب التحقيقات الفيدرالي لم يغير استنتاجه. كان توقيت كومي مثيرًا للجدل، وكان هناك انتقادات بأنه انتهك توجيهات وسوابق وزارة الخارجية وجعل الجمهور يتحامل ضد كلينتون. حصل الجدل على تغطية إعلامية أكثر من أي موضوع آخر خلال الحملة الانتخابية الرئاسية. قالت كلينتون ومراقبون آخرون أن إعادة فتح التحقيق ساهم في خسارتها في الانتخابات. قال كومي في كتابه الذي حمل عنوان ولاء أعلى لعام 2018 أن قراره ربما تأثر بشكل لا إرادي بحقيقة أنه اعتبر أنه من المرجح كثيرًا أن تصبح كلينتون الرئيس القادم.
بتاريخ 14 يونيو عام 2018، أصدر المفتش العام لمكتب وزارة العدل تقريره المتعلق بتولي مكتب التحقيقات الفيدرالي ووزارة العدل التحقيق في قضية كلينتون، ولم يجد أي دليل على التحيز السياسي وقدم دعمه لقرار عدم محاكمة كلينتون. نتج عن تحقيق وزارة الخارجية الذي استمر ثلاث سنوات في سبتمبر عام 2019 أن 38 فردًا كانوا «مذنبين» في 91 حالة لإرسال معلومات سرية وصلت إلى حساب البريد الإلكتروني لكلينتون، على الرغم من أنه لم يوجد «دليل مقنع على إساءة الاستخدام المتعمد والمنظم للمعلومات السرية».