غالبًا ما كان ختان الذكور ولا يزال موضوعًا للجدل بسبب عدد من الأسباب الدينية والأخلاقية والجنسية والطبية.
أعطى الإغريق والرومان القدماء في الحضارة الكلاسيكية والهلنستية قيمة كبيرة لجمال الطبيعة والسلامة البدنية والجمالية والأجسام المتناغمة والعُري بما في ذلك القلفة ، وعارضت جميع أشكال تشويه الأعضاء التناسلية بما في ذلك الختان، وهي معارضة ورثتها الشريعة والأنظمة القانونية العلمانية في الغرب والشرق المسيحي والتي استمرت على الأقل حتى العصور الوسطى وفقا لهودجز. لا تزال اليهودية والإسلام تؤيد ختان الذكور كواجب ديني.
أخلاقيات الختان مثيرة للجدل. كان المبرر الرئيسي للختان خلال أواخر القرن التاسع عشر وأوائل القرن العشرين هو منع العادة السرية وتقليل متعة الذكور الجنسية عن قصد، والذي كان يُعتقد أنه يسبب مجموعة واسعة من المشاكل الطبية. يدعي الحديثون أن الختان يقلل من مخاطر الالتهابات والأمراض وكذلك يمنح فوائد جنسية. [12] غالبًا ما يتساءل المعارضون وخصوصًا حول ختان الأطفال عن فائدته وفعاليته في الوقاية من هذه الأمراض، ويعترضون على إخضاع الأولاد حديثي الولادة للختان دون موافقتهم، في إجراء يعتبرون فوائده مشكوك فيها وغير أساسية، المخاطر كبيرة والتأثير السلبي محتمل على الصحة العامة والتمتع الجنسي لاحقًا .