يتكون الجدار المعدي المعوي من أربع طبقات من الأنسجة المتخصصة. وهي من التجويف الداخلي للأمعاء (اللمعة) إلى الخارج:
الغشاء المخاطي
تحت المخاطية
الطبقة العضلية
الغشاء المصلي أو الغلالة البرانية
الغشاء المخاطي هو الطبقة الأعمق من الجهاز الهضمي. يحيط باللمعة، ويتلامس مباشرة مع الطعام المهضوم (الكيموس). يتكون الغشاء المخاطي نفسه من ثلاث طبقات: الظهارة، حيث تحدث معظم عمليات الهضم والامتصاص والإفراز. الصفيحة المخصوصة، وهي طبقة من النسيج الضام، والصفيحة العضلية المخاطية، وهي طبقة رقيقة من العضلات الملساء.
تحتوي الطبقة تحت المخاطية على أعصاب بما في ذلك الضفيرة تحت المخاطية (وتسمى أيضًا ضفيرة مايسنر) والأوعية الدموية والألياف المرنة التي تحتوي على الكولاجين، والتي تكون قادرة على التمدد ولكنها تحافظ على شكل الأمعاء.
الطبقة العضلية تحيط بالغشاء المخاطي. وهي تتألف من طبقات من العضلات الملساء ذات اتجاه طولي ودائري، تساعد في استمرار حركات الأمعاء (التمعج) وحركة المواد المهضومة إلى خارج القناة الهضمية وعلى طولها. تقع الضفيرة العضلية المعوية بين طبقتَي العضلات (وتسمى أيضًا ضفيرة أورباخ).
الغشاء المصلي أو الغلالة البرانية هي الطبقة النهائية. تتكون من نسيج ضام رخو ومغلفة بالمخاط لمنع أي تلف ناتج عن احتكاك الأمعاء بالأنسجة الأخرى أو ببعضها. يسمى النسيج الموجود بالغشاء المصلي إذا كان النسيج داخل الصفاق، والغلالة البرانية إذا كان النسيج خلف الصفاق.