التهاب القولون المجهري (Microscopic Colitis) هوَ عبارة عن التهاب لبطانة القولون الذي يبدو فيه النسيج طبيعياً عند فحصه بالعين المجردة ولا يظهر إلا عند أخذ عينة من النسيج بواسطة المنظار وفحصها بواسطة المجهر. و يصيب الأمعاء الغليظة، وتظهر أعراضه في صورة إسهال مزمن، والذي عادة ً ما يكون مائياً بمعدل أربع إلى خمس مرات يومياً، وأثناء الليل أيضاً. وإلى جانب الإسهال المائى المزمن عادةً ما يعانى المرضى أيضاً من آلام بالبطن.
المدخنون والنساء فوق الخمسين أكثر عُرضة للإصابة بالتهاب القولون المجهرى، وقد تم التأكيد على ضرورة إجراء منظار للقولون مع أخذ عينات من الغشاء المخاطى المبطن للأمعاء من أجل التفرقة بشكل واضح وقاطع بين التهاب القولون المجهرى والتهاب القولون العصبي.
.