تنقسم إندونيسيا إدارياً إلى أقاليم إندونيسيا، وتتكون هذه الأقاليم من مناطق وصاية ومدن. وتتفرع هذه المناطق والمدن إلى مقاطعات إندونيسيا، والتي تتألف بدورها من قرى إندونيسيا وقرى حضرية. وتمتلك الأقاليم والمناطق والمدن حكومات محلية وهيئات برلمانية خاصة بها.
ومنذ سريان القانون رقم 22 لعام 1999 بشأن الحكومة المحلية (والذي عُدّل لاحقاً بموجب القانون رقم 32 لعام 2004، والقانون رقم 23 لعام 2014، وقانون "أومنيبوس" لعام 2023 بشأن خلق فرص العمل)، أصبحت الحكومات المحلية تضطلع بدور محوري في إدارة مناطقها. ومع ذلك، تظل شؤون السياسة الخارجية، والدفاع (بما في ذلك الجيش الوطني الإندونيسي والشرطة الوطنية الإندونيسية)، والقضاء، والسياسات النقدية، ضمن الاختصاصات الحصرية لـ الحكومة المركزية. ومنذ عام 2005، وبموجب القانون رقم 32 لعام 2004، أصبح رؤساء الحكومات المحلية (الحكام وأوصياء العرش ورؤساء البلديات) يُنتخبون مباشرة عبر الانتخابات في إندونيسيا لولاية مدتها خمس سنوات، قابلة للتجديد لمرة واحدة فقط.