ينقسم النظام الإداري البيروقراطي في اليابان إلى ثلاثة مستويات أساسية: المستوى الوطني، ومستوى المحافظات، ومستوى البلديات. وقد تم تحديد هذه المستويات بموجب قانون الحكم الذاتي المحلي لعام 1947.
يوجد تحت الحكومة الوطنية 47 محافظة، ستة منها مقسمة إلى محافظات فرعية لخدمة المناطق الجغرافية الكبيرة أو الجزر النائية بشكل أفضل.
تُعتبر البلديات الـ 1718 (792 مدينة، 743 بلدة، و183 قرية) و23 حيًا خاصًا في طوكيو أدنى مستوى للحكومة؛ وتُعرف المدن العشرين الأكثر اكتظاظًا بالسكان خارج منطقة طوكيو الكبرى باسم المدن المخصصة، وهي مقسمة إلى أحياء.