يندرج نظام التعليم في إندونيسيا تحت مسؤولية وزارة التربية والتعليم والثقافة غير أن المدارس الإسلامية تتبع لوزارة الشؤون الدينية.
وتطبق إندونيسا نظام التعليم الإلزامي الذي ينقسم إلى مرحلتين:
المرحلة الابتدائية: مدتها ست سنوات.
المرحلة الثانوية: مدتها ثلاث سنوات.
وينص الدستور على أن التعليم جهد مخطط لإنشاء بيئة الدراسة العملية والتعليمية من أجل تطوير قدرات الطالب ورفع مستواه الديني والروحي، وزيادة الوعي عنده وبناء الشخصية، وكذا تنمية ذكاءه وتقويم السلوك لديه وحثه على الإبداع.
حلّت إندونيسيا في المرتبة 87 فقط (من بين 132 اقتصاد) في تقرير مؤشر الابتكار العالمي لعام 2021، وتقدّمت إلى المرتبة 61 في تقرير مؤشر الابتكار عام 2023، ثم قفزت عدّة مراكز خلال عام 2024 لتصبح في المركز 54.