ينقسم التعليم الثانوي في اليابان إلى المدارس الإعدادية العالية (中学 chūgaku) والتي تشتمل على الصفوف من السابع إلى التاسع، والمدارس الثانويةالعليا (高等学校 kōtōgakkō, ويُشار إليها اختصارًا بـ 高校 kōkō) التي غالبًا ما تشتمل على الصفوف العاشر وحتى الثاني عشر. وعلى الرغم من أن حضور المدارس الثانوية العليا غير إلزامي، إلا أن معظم الطلاب يحضرون.
تتبع معظم المدارس الثانوية العليا اليابانية إجراءات تقديم معقدة، تشبه إجراءات التقدم إلى الجامعة في بلدان أخرى. مع ذلك، تقوم بعض المدارس الثانوية العليا ذات المرتبة الأعلى بتخريج طلابها مباشرة إلى الجامعات ذات المرتبة العليا، مثل جامعة طوكيو. أما الطلاب الذين لا يخططون لارتياد الجامعة، فعادةً ما يلتحقون بالمدارس الثانوية المهنية العليا: وعلى الرغم من أن للطلاب مطلق الحرية في عدم ارتياد المدرسة الثانوية العليا إذا كانوا يرغبون في ذلك، إلا أنه يوجد عدد قليل جدًا من خريجي المدارس الأدنى يقوم بذلك.
في اليابان، تم تعديل قانون التعليم المدرسي في عام 1998، واعترف بالمدارس الثانوية مؤخرًا. حيث يجمع التعليم في هذه المدارس بين تعليم المدارس الإعدادية العليا وتعليم المدارس الثانوية العليا دون فصل واضح.
كما أجريت المزيد من التعديلات على القانون في 15 ديسمبر 2006؛ حيث ترك القانون المُعدل هيكل التعليم المدرسي في الأساس كما هو إلا أنه تضمن تأكيدًا جديدًا على احترام الثقافة اليابانية (المادة 2-5)، والانضباط المدرسي (المادة 6-2), والمسؤولية الأبوية (المادة 10).