يُستخدم التعذيب في مصر من قبل قوات الأمن والشرطة والأمن الوطني ضد المعتقلين والمعتقلين السياسيين بشكل روتيني ومنهجي وواسع النطاق، باستخدام الضرب والصعق بالكهرباء وحتى الاغتصاب أحيانا، حتى وصفته منظمة هيومن رايتس ووتش بأنه «قد يرقى إلى جريمة ضد الإنسانية» ويتمتع بغطاء من رأس الدولة.
كانت الحكومة المصرية قد أقرت بوجود حالات تعذيب «فردية» في السنوات القليلة الماضية وتمت محاكمة بعض من رجال الشرطة والأمن بتهم ارتكاب جرائم قتل في حق معتقلين أثناء فترة الاستنطاق، منها إدانة شرطي ضرب بيطري حتى الموت أثناء فترة الاعتقال بأحد السجون في الإسماعيلية في فبراير 2017 وحكماً غيابيا بالسجن مدى الحياة في حق رجلي أمن لقتلهما شخصا أثناء فترة الاعتقال في طنطا في 2015. كما حكم على ضابطين من جهاز المخابرات بالسجن خمس سنوات لضربهما حتى الموت محاميا كان قيد الاعتقال بأحد مخافر الشرطة في القاهرة.
تشير منظمة العفو الدولية أن المعتقلون السياسيون يُحتجزون رهن الحبس الانفرادي المطوَّل وإلى أجل غير مُسمَّى في مصر، وفي بعض الحالات استمر هذا الحبس عدة سنوات، وهو الأمر الذي يُعد في حد ذاته بمثابة نوع من التعذيب. ويحشر السجناء في زنازينهم جُل اليوم على مدى أسابيع، ويُحرمون من أي اتصال إنساني، ويُجبرون على البقاء في ظروف مروِّعة في الزنازين بحسب تقارير المنظمة.