التحقيق في مجزرة الخرطوم هو تحقيق رسمي في مذبحة الخرطوم التي جرت أطوارها في 3 يونيو 2019 وغيرها من انتهاكات حقوق الإنسان إبان الثورة السودانية، بموجب المادة 7 (16) من مسودة إعلان الدستور السوداني الصادرة في أغسطس 2019، والذي يغطي «الانتهاكات المرتكبة في 3 يونيو 2019، وكذلك الأحداث والحوادث التي ارتكبت فيها انتهاكات لحقوق وكرامة المواطنين المدنيين والعسكريين».
تم تأسيس لجنة للتحقيق في جريمة المذبحة والاغتصاب وغيرها من انتهاكات حقوق الإنسان، مكونة من رجال فقط برئاسة المحامي نبيل أديب. لكن «مبادرة لا لقهر النساء» احتجت على تكوين لجنة رجالية فقط.