يشمل التاريخ العسكري لإندونيسيا تاريخ جمهورية إندونيسيا الحديثة، بالإضافة إلى تاريخ الدول التي سبقتها وشكّلتها. وقد انطوى هذا التاريخ على طيف واسع من الصراعات امتدت لأكثر من ألف عام. بدأ الجزء القديم والوسيط منه مع اندلاع الحروب القبلية بين السكان الأصليين، وتصاعدت حدتها مع ظهور الممالك. أما الجزء الحديث، فيتميز بالاحتلالات الاستعمارية الأجنبية، ومعارك الاستقلال عبر حرب العصابات خلال الثورة الوطنية الإندونيسية ، والغزوات الإقليمية والنزاعات مع الدول المجاورة، فضلاً عن المعارك بين الجمهورية والفصائل الانفصالية. ومنذ قيام الجمهورية، لعب الجيش دورًا محوريًا في شؤون الدولة. إلا أنه في حقبة ما بعد سوهارتو، تراجع نفوذ الجيش الإندونيسي في السياسة، مع احتفاظه ببعض التأثيرات.
باعتبارها دولة أرخبيلية، لطالما كانت إندونيسيا قوة بحرية منذ عهد مملكتي سريفيجايا وماجاباهيت. فعلى سبيل المثال، ازدهرت إمبراطورية سريفيجايا في القرن السابع الميلادي بفضل استغلالها الأمثل لإمكانيات البحر. وخلال مراحل تأسيسها الأولى وحتى عهد النظام الجديد في عهد سوهارتو ، ركز الجيش الإندونيسي بشكل كبير على قوته البرية . إلا أنه بحلول القرن الحادي والعشرين، تحول اهتمامه إلى المجال البحري، حيث أعرب الرئيس جوكو ويدودو في عام 2014 عن رغبته في تحويل إندونيسيا إلى "محور بحري".