تولد التمرينات الرياضية تأثيرات عصبية وحيوية عديدة متضمنةً مدىً واسعًا من التأثيرات على التركيبة البنائية للدماغ ووظائفه وعلى الإدراك المعرفي. أثبتت الكثير من البحوث المجراة على البشر أن ممارسة التمارين الهوائية بصورة مستمرة (30 دقيقة يوميًا على سبيل المثال) تؤدي إلى حصول تحسينات دائمة في وظائف معرفية محددة، وتبدلات صحية للتعبير الجيني في الدماغ، وظهور صيغ مفيدة من اللدونة العصبية واللدونة السلوكية. تتضمن بعض التأثيرات طويلة الأمد ما يلي: زيادة في نمو الخلايا العصبية، وزيادة في النشاط العصبي (مثل زيادة تأشير جين سي-فوس وعامل التغذية العصبية المستمد من الدماغ)، وتحسنًا في التأقلم مع الإجهاد، والتحكم المعرفي بالسلوك، وتحسنًا في الذاكرة الصريحة والذاكرة المكانية والذاكرة العاملة، وتحسينات بنائية ووظيفية للتراكيب البنائية للدماغ وللمسارات العصبية المرتبطة بكل من التحكم المعرفي والذاكرة. تؤثر التمارين الرياضية بشكل كبير على الوظائف المعرفية، إذ أنها تساهم في تحسين الأداء الأكاديمي للأطفال وطلاب الجامعات وتزيد من إنتاجية الفرد البالغ وتصون الوظائف المعرفية لدى كبار السن وتمنع حدوث بعض الاضطرابات العصبية وتعالجها في حالة الإصابة بها وتُحسن من جودة الحياة بصورة عامة.
وُجد أن التمارين الهوائية تحفز حصول تأثيرات مؤقتة على الوظائف المعرفية بعد حصة تمرين واحدة وحصول تأثيرات مستمرة على الوظائف المعرفية بعد ممارسة هذه التمارين بصورة منتظمة لعدة أشهر متتالية. يُسجل الأشخاص الذين يمارسون التمارين الهوائية بصورة منتظمة (مثل الجري والركض والمشي السريع والسباحة وركوب الدراجات الهوائية) نتائج أفضل من غيرهم في الاختبارات العصبية والنفسية التي تقيس جودة وظائف معرفية محددة مثل التحكم الانتباهي والتحكم التثبيطي والمرونة المعرفية وأهلية الذاكرة العاملة والذاكرة الصريحة والذاكرة المكانية وسرعة معالجة المعلومات. تتضمن التأثيرات المؤقتة للتمارين الرياضية تحسينات في أغلب الوظائف التنفيذية (مثل الانتباه والذاكرة العاملة والمرونة المعرفية والتحكم التثبيطي ومهارات حل المشكلات واتخاذ القرارات) وفي سرعة معالجة المعلومات لفترة تصل إلى ساعتين بعد ممارسة التمارين الرياضية.
تحفز التمارين الهوائية حصول تأثيرات طويلة وقصيرة الأمد على المزاج والحالات العاطفية من خلال تحفيز الوجدان الإيجابي وتثبيط الوجدان السلبي وتقليل الاستجابة الحيوية للتوتر. على المدى القصير، تعمل التمارين الهوائية كعمل مضادات الاكتئاب والمواد المساعدة على الابتهاج، في حين تؤدي الممارسة المستمرة للتمارين الرياضية إلى حصول تحسينات عامة في المزاج وتقدير الذات.
تُحسن الممارسة المنتظمة للتمارين الرياضية من الأعراض المرتبطة بعدد كبير من اضطرابات الجهاز العصبي المركزي ويُمكن استعمالها كعلاج مساعد لهذه الاضطرابات. توجد أدلة دامغة تشير إلى فعالية التمارين الرياضية في علاج أعراض الاضطراب الاكتئابي واضطراب نقص الانتباه مع فرط النشاط. يُشير الدليل الإرشادي للأكاديمية الأمريكية لطب الأعصاب أنه من الواجب على الأطباء توصية المرضى المشخصين باختلال معرفي معتدل بممارسة التمارين الرياضية بصورة منتظمة (مرتين في الأسبوع). تدعم الأدلة السريرية استخدام التمارين الرياضية كعلاج مساعد لبعض الاضطرابات العصبية التنكسية، وخاصة مرض ألزهايمر ومرض باركنسون. ترتبط ممارسة التمارين الرياضية بصورة منتظمة بتقليل خطر الإصابة بالاضطرابات العصبية التنكسية. تدعم مجموعة كبيرة من التجارب غير السريرية بالإضافة إلى بعض التجارب السريرية الحديثة استخدام التمارين الرياضية كعلاج مساعد في معالجة الإدمان والوقاية منه. اقتُرح استخدام التمارين الرياضية المنتظمة كعلاج مساعد لسرطانات الدماغ.