البنية الجينية هي الأساس الجيني الكامن وراء سمة النمط الظاهري وخصائصها المتغيرة. التباين الظاهري للسمات الكمية (أو الصفات المعقدة) هو بشكل أساسي، نتيجة فصل الأليلات في المواقع الكروموسومية للسمات الكمية. يمكن أن تلعب العوامل البيئية والتأثيرات الخارجية الأخرى أيضًا دورًا في اختلاف النمط الظاهري. البنية الجينية هي مصطلح واسع يمكن عن طريقه إعطاء صفات خاصة بأي فرد معين بناءً على المعلومات المتعلقة بعدد الجينات والأليلات، وتوزيع التأثيرات الأليلية والطفرات، وأنماط تعدد النمط الظاهري، والسيادة (وراثيًا)، والروكبة (كبت صفات جينية بفعل جين آخر).
يوجد العديد من الآراء التجريبية المختلفة للبنية الجينية. فبحسب بعض الباحثين تتفاعل الآليات الجينية المختلفة بطريقة معقدة جدًا، لكنهم يعتقدون أنه يمكن تقريب هذه الآليات إلى معدل متوسط ومعالجتها، إلى حد ما، مثل الضوضاء الإحصائية. يدّعي باحثون آخرون أن كل تفاعل جيني مهم وأنه من الضروري قياس ونمذجة هذه التأثيرات ضمن أنظمة فردية بحسب علم الوراثة التطوري.