البروتين السكري الخاص بالشوكة (بالإنجليزية: Spike glycoprotein) (ويُسمى أحيانا بروتين الشوكة، وسابقا E2) هو أكبر البروتينات البنيوية الأربعة المتواجدة في فيروسات كورونا. يتجمع بروتين الشوكة إلى مثلوثات تشكل بُنًى كبيرة تسمى الشوكات أو القسيمات الفولفية، والتي تبرز على سطح الفيروس. المظهر المميز لهذه الشوكات حين تُرى باستخدام المجهر الإلكتروني النافذ والتلوين السلبي على شكل «هالة» والتي تسمى «كورونا» وهو مصطلح لاتيني يعني «التاج»، هو ما أعطى الفيروس اسم العائلة الخاص به.
وظيفة البروتين السكري الخاص بالشوكة هي توسط دخول الفيروس إلى الخلية المضيفة عبر التآثر مع جزيئات على السطح الخارجي للخلية وبعدها دمج الغشائين الفيروسي والخلوي. بروتين الشوكة هو بروتين دمج من الصنف 1 ويحتوي على منطقتين تعرفان باسم S1 وS2. تحتوي المنطقة S1 على نطاق الارتباط بالمستقبل الذي يرتبط بالمستقبلات على سطح الخلية. تستخدم فيروسات كورونا مجالا متنوعا من المستقبلات: يتآثر كل من سارس-كوف (الذي يسبب السارس) وسارس-كوف-2 (الذي يسبب كوفيد 19) مع المستقبل إنزيم محول للأنجيوتنسين 2 (ACE2). تحتوي المنطقة S2 على نطاق الدمج وبعض العناصر الأخرى الضرورية للاندماج مع الخلية المضيفة، واندماج الغشائين خطوة مطلوبة من أجل إصابة الخلية وتضاعف الفيروس. يحدد بروتين الشوكة مجال المضيف (الكائنات التي يمكن للفيروس إصابتها) والانتحاء الخلوي (ماهي الخلايا والأنسجة التي يمكنه إصابتها داخل الكائن).
البروتين السكري الخاص بالشوكة شديد توليد المناعة، ووجدت أجسام مضادة لبروتين الشوكة لدى المرضى المتعافين من السارس ومن كوفيد 19. تستهدف الأجسام المضادة المحيِّدة الحواتم الموجودة في نطاق الارتباط بالمستقبل. معظم المجهودات لتطوير لقاحٍ لكوفيد 19 نتيجة جائحة كوفيد 19 تهدف إلى تنشيط جهاز المناعة ضد بروتين الشوكة.