بعد سقوط سلالة تشينغ إثر ثورة شينهاي (1911-1912)، أعلن سون يات سين ، الذي ترأس جمهورية الصين الجديدة (1912-1949)، مباشرة أن شعوب الهان ، والهوي (المسلمين)، والمنغ (المغول)، والتسانغ (التبتيين) كلها ستعيش على قدم المساواة في البلاد . لكن عندما تأسست جمهورية الصين الشعبية عام 1949، عانى المسلمون الصينيون من القمع السياسي شأنهم شأن جميع الجماعات الدينية الأخرى في الصين، لا سيما خلال الثورة الثقافية (1966-1976).
في عصرنا الراهن يعاني المسلمون الصينيون من سلسلة انتهاكات حقوق الإنسان ، ولا سيما الإيغور المضطهدون في منطقة شينجيانغ ذاتية الحكم.