أُجري استفتاء على الاستقلال في تيمور الشرقية في 30 أغسطس 1999. وتكمن أصول الاستفتاء في الطلب الذي قدمه رئيس إندونيسيا، بي جيه حبيبي، إلى الأمين العام للأمم المتحدة كوفي عنان في 27 يناير 1999، بهدف عقد الأمم المتحدة استفتاء، يمنح الإقليم الإندونيسي بموجبه خيار حكم ذاتي أكبر داخل إندونيسيا أو الاستقلال.
رفض الناخبون الحكم الذاتي المقترح، مما أدى إلى انفصالهم عن إندونيسيا. أدى ذلك إلى أعمال عنف جماعية وتدمير للبنية التحتية في تيمور الشرقية، قبل أن يصادق مجلس الأمن التابع للأمم المتحدة على القرار في 15 سبتمبر لتشكيل قوة متعددة الجنسيات (القوة الدولية) وإرسالها على الفور إلى تيمور الشرقية لاستعادة النظام والأمن وإنهاء الحرب والأزمة الإنسانية. حصلت تيمور الشرقية على الاستقلال المعترف به رسميًا في 20 مايو 2002.
يطلق العديد من الإندونيسيين (بما في ذلك الحكومة) على الاستفتاء أيضًا اسم استطلاع تيمور الشرقية (بالإندونيسية: Jajak pendapat Timor Timur)، نظرًا لأن الاستفتاء كان غير ملزم قانونيًا وتطلب من مجلس شورى الشعب (MPR) إلغاء بيانه السابق لعام 1978 في حال رفضت غالبية الناخبين الاقتراح.