روّج هولدريخ زوينكلي للإصلاح البروتستانتي في سويسرا في بادئ الأمر، وحصل ذلك على دعم الحاكم (مارك رويست) ومواطني زيورخ في عشرينيات القرن السادس عشر. وقاد إلى تغييرات كبيرة في الحياة المدنية وشؤون الدولة في زيورخ وامتد إلى بعض كانتونات الاتحاد السويسري القديم. غير أنه بقيت سبع كانتونات رومانية كاثوليكية، ما أشعل فتيل الحرب بين الكانتونات، فنشبت حربين وعُرفت باسم حربي كابيل. بعد انتصار الكانتونات الكاثوليكية في عام 1531، أقدموا على إقرار سياسات إصلاح مضاد في بعض المناطق. وحددت الانشقاقات وانعدام الثقة بين الكانتونات الكاثوليكية والبروتستانتية سياساتها الداخلية، وعطلت أي سياسة خارجية مألوفة حتى وقت متأخر من القرن الثامن عشر.
وبالرغم من الاختلافات الدينية بينهما، والتحالف الكاثوليكي الدفاعي المقتصر على الكانتونات الكاثوليكية السبعة (العهد الذهبي)، لم تنشب المزيد من النزاعات المسلحة الكبرى بين الكانتونات. وجدير بالذكر أنه حارب جنود من كلا الجانبين في حروب فرنسا الدينية.
في حرب الثلاثين عامًا، نجحت الكانتونات الثلاثة عشر بالحفاظ على حياديتها، ويعزى ذلك جزئيًا إلى اعتماد جميع الدول الكبرى في أوروبا على المرتزقة السويسريين، ولم يكونوا ليسمحوا بوقوع سويسرا في أيدي خصومهم. لم تنخرط رابطات غراوبوندن الثلاثة في الحرب من عام 1620 وما بعده، ولم تكن آنذاك عضوًا في الاتحاد السويسري، ما أدى إلى خسارتهم لوادي فالتيلينا في الفترة 1623 إلى 1639.