الإرهاب في إندونيسيا هو أعمال الإرهاب التي تحدث داخل إندونيسيا أو الهجمات على الشعب الإندونيسي أو مصالحهم في الخارج. وغالبًا ما تستهدف هذه الأعمال الإرهابية حكومة إندونيسيا أو الأجانب في إندونيسيا، وعلى الأخص الزوار الغربيين، وخاصة أولئك القادمين من الولايات المتحدة وأستراليا.
في يونيو عام 2015 شُطبت إندونيسيا من القائمة السوداء لمجموعة العمل المالي الخاص «للبلدان أو الأقاليم غير المتعاونة» نظرًا إلى أن إندونيسيا لم تعد غير متعاونة في الحرب العالمية ضد غسل الأموال وتمويل الإرهاب. وهذا يعطي إندونيسيا نفس المكانة التي تتمتع بها الاقتصادات الرئيسية الأخرى في مجموعة العشرين.