أصبح الإجهاض قانونياً في إستونيا منذ 23 نوفمبر 1955، عندما كانت إستونيا جزءاً من الاتحاد السوفيتي . وقد قامت إستونيا بتحسين تشريعاتها بعد استعادة استقلالها.
تسمح إستونيا بالإجهاض عند الطلب لأي غرض، قبل نهاية الأسبوع الحادي عشر من الحمل . ويُسمح بالإجهاض في مراحل لاحقة حتى الأسبوع الحادي والعشرين (شاملاً) إذا كانت المرأة أصغر من 15 عامًا أو أكبر من 45 عامًا، أو إذا كان الحمل يُهدد صحة المرأة، أو إذا كان من المحتمل أن يُعاني الطفل من عيب جسدي أو عقلي خطير، أو إذا كان مرض المرأة أو أي مشكلة طبية أخرى تُعيق نمو الطفل.
يُتوقع من النساء الراغبات في إجراء عملية إجهاض لأسباب شخصية غير منصوص عليها في قانون الإجهاض دفع رسوم وفقًا لقائمة أسعار مقدمي خدمات الإجهاض. أما الإجهاض الذي يُجرى لأسباب طبية، فيُغطيه صندوق التأمين الصحي الإستوني للمؤمَّن عليهم.
بلغت نسبة حالات الحمل التي انتهت بالإجهاض في إستونيا عام 2006 نسبة 38.7%، وهو انخفاض من 49.4% قبل ست سنوات فقط.
في عام 2010، بلغ عدد حالات الإجهاض في إستونيا 9087 حالة، أي ما يعادل 57.4 حالة إجهاض لكل 100 ولادة حية. اعتبارًا من 2010 بلغ معدل الإجهاض 25.5 حالة إجهاض لكل 1,000 امرأة تتراوح أعمارهن بين 15 و44 عامًا.