كانت الإبادة الجماعية في جونغاريا بمثابة إبادة هائلة للشعب الجونغاري البوذي المغولي على أيدي سلالة مانشو تشينغ الحاكمة الصينية. أمر الإمبراطور تشيانغ لونغ بالإبادة بسبب التمرد الذي حدث في عام 1755 بقيادة القائد الجونغاري أمارسانا ضد حكم تشينغ، بعد أن احتلّ تشينغ خانات زونغار في البداية بمساعدة من أمارسانا نفسه، ارتُكبت الإبادة الجماعية من قبل جنرالات المانشو من جيش تشينغ الذين أرسلوا للقضاء على الجونغاريين، بدعم من حلفائهم من الأويغور وأتباعهم بسبب ثورة الأويغور ضد حكم الجونغاريين.
كانت خانات زونغار اتحادًا للعديد من القبائل البوذية التيبية المغولية التي ظهرت في أوائل القرن السابع عشر، وكانت آخر إمبراطورية بدوية في آسيا، ويقدر بعض الباحثين أن 80% من الشعب الجونغاري، أو حوالي 500 ألف إلى 800 ألف شخص قُتلوا بسبب مزيج من الحرب، والمرض خلال أو بعد غزو تشينغ في الفترة بين 1755 و1757، بعد القضاء على السكان الأصليين في جونغاريا أعادت حكومة تشينغ توطين وافدين من الهان، والهوي، وأويغور، وشيبي في مزارع الدولة بهدف إعادة توطين المنطقة.