تساعد الأمانة العامة لمجلس الاتحاد الأوروبي مجلس الاتحاد الأوروبي ورئاسة مجلس الاتحاد الأوروبي والمجلس الأوروبي ورئيس المجلس الأوروبي. يرأس الأمانة العامة الأمين العام لمجلس الاتحاد الأوروبي. تنقسم الأمانة العامة إلى سبع مديريات عامة، يدير كل منها مدير عام.
يقع مقر الأمانة العامة في بروكسل، في مبنى يوروبا. تم دمج الأمانات الخاصة باتفاقية شينجن واتحاد أوروبا الغربية والتعاون السياسي الأوروبي على مدار السنين مع أمانة المجلس.
الأمين العام الحالي هي تيريز بلانشيت، التي تولت المنصب في 1 نوفمبر 2015.