الأمانة العامة للمفوضية الأوروبية هي قسم خدمة تابع للمفوضية الأوروبية. يقع مقرها في بيرلايمونت في بروكسل، بلجيكا. تدعم الأمانة العامة المفوضية بأكملها، ولا سيما المفوضين البالغ عددهم 27. ويترأسها الأمين العام.
للأمانة العامة، تحت إشراف رئيس المفوضية، درجة عالية من الأهمية في المفوضية. تنظم الاجتماعات وتتحكم في جدول الأعمال وهي مسؤولة عن المحاضر. يستخدم الرئيس هذه السلطة في إدارته للمفوضية.