اقتطاع الأمعاء (بالإنجليزية: bowel resection أو enterectomy) هي عملية جراحية يزال فيه جزء من الأمعاء، سواء من الأمعاء الدقيقة أو من الأمعاء الغليظة.
من الناحية العامة فإن مصطلح اقتطاع الأمعاء يعطي معنى استئصال من الأمعاء الدقيقة، بينما يستعمل مصطلح استئصال القولون للأمعاء الغليظة.