الاقتران البكتيري (بالإنجليزية: bacterial conjugation) كناية عن انتقال المادة الجينية بين الخلايا البكتيرية من خلال الاتصال المباشر بين خلية وأخرى أو عبر اتصال يشابه الجسر ويصل بين خليتين. حيث اكتشف كل من جوشوا ليديربرغ وإدوارد تاتوم هذا الاقتران في عام 1946، والاقتران هو عبارة عن آلية انتقال جيني أفقي كما في التحويل والانتقال، مع أن هاتين العمليتين لا تجريان وفق الاتصال المباشر من خلية لأخرى.
وفي أغلب الأحيان، يعتبر الاقتران البكتيري بشكل خاطئ مكافئا بكتيريا لإعادة الإنتاج الجنسي أو التزاوج بما أنه يتضمن تغيرا في المادة الجينية. خلال عملية الاقتران، تقوم الخلية المتبرعة بتقديم عنصر جيني مقرن أو تعبوي يكون في أغلب الأحيان إما بلازميد أو سلسلة ترانزبوسون. كما تمتلك معظم البلازميدات المقرنة أنظمة تضمن عدم احتواء الخلية المستقبلة أصلا على عنصر مشابه.
إلى ذلك، فإن غالبا ما تكون المعلومات المنتقلة جينيا مفيدة للخلية المستقبلة. حيث يمكن لهذه الفوائد أن تشتمل على المقاومة الحيوية وتحمل مادة الإكسنبيوتك (أو مادة البيولوجيا الأجنبية الكيماوية) أو القدرة على استخدام مواد جديدة من الأيض. ومثل هذه البلازميدات المفيدة قد تعتبر حشرات إندوسيميونتس بكتيرية. أما العناصر الأخرى، على أية حال، فقد يتم إظهارها على أنها طفيليات بكتيرية، حيث يتطور الاقتران من خلالها كآلية عبر السماح بانتشارهم.