اغتيل محمد بوضياف في 29 يونيو 1992 بعد أشهر من توليه رئاسة المجلس الأعلى للدولة، وزعت منشورات تبناها حزب الجبهة الإسلامية للإنقاذ المنحل ضدّ 3 أعضاء من المجلس الأعلى للدّولة، حيث ألصقوا بهم تهمة «الموالاة للماسونية» و«الدّفاع عن الفكر الصهيوني».
كان محمد بوضياف قد عاد إلى الجزائر من المغرب وترأس المجلس الأعلى للدولة، بعد استقالة الرئيس شاذلي بن جديد وحل الجبهة الإسلامية للإنقاذ عام 1992.
كانت الحرب ضد الجماعات الإسلامية قد قلّصت وشمّرت عن ساق واُستعمل فيها كل الأساليب الحربية الممنوعة من القتل ذبحا لسكان المداشر والقرى النائية نهاية في بعد إلى مجزرة بن طلحة، وعمليات التفجير التي تستهدف المنشئات الهامة ومقرات الأمن وشخصياته.
كان محمد بوضياف قد عمل برنامجا أو مخططا يلقي خطابات عبر جميع نواحي الوطن، وأثناء إلقائه خطابا بالمركز الثقافي بمدينة عنابة وبعد ترديد الرئيس بوضياف لعبارة: إن الإسلام يحث على العلم. لتنفجر قنبلة في المنصة الرئاسية وينتصب الملازم مبارك بومعرافي أمام الرئيس ويفرغ رصاصات رشاشه في جسد بوضياف ويرديه قتيلا في الساعة الواحدة زوالا من يوم التاسع والعشرين من يونيو 1992.