اضطهاد الشيعة من قبل تنظيم داعش يشير إلى الاضطهاد الذي مارسه التنظيم ضد الشيعة، ضمن المناطق التي كانت خاضعة لسيطرته في العراق وسوريا. وقد بلغ الاضطهاد ذروته عقب سيطرة التنظيم على أجزاء من شمال العراق في يونيو 2014.
قُتلوا شيعة العراق، الذين يشكلون الغالبية السكانية، بأعداد كبيرة علی يد تنظيم داعش. وقد وصف التنظيم الذي حاول إنشاء خلافة سنية، مسلمي الشيعة بأنهم «كفار» ولذلك استهدف المجتمعات الشيعية على وجه التحديد. في يونيو 2014 زعم التنظيم أنه قتل 1700 مسلم شيعي في قاعدة سبايكر. كما استهدف التنظيم السجناء الشيعة. ووفقا للشهود، بعد أن تمكنت جماعة داعش من السيطرة على مدينة الموصل، فصلوا السجناء الشيعة عن السجناء السنة، ثم أخذوا سجناء الشيعة الذين كان يصل عددهم إلی 650 سجينا إلى الإعدام. وقد أفاد مسؤولون أكراد في أربيل عن وجود حوادث مماثلة الذي تم فيها فصل السجناء الشيعة عن سائر السجناء وثم أخذهم إلی الإعدام أو حرقهم وهم أحياء.
وقد اتهمت منظمة العفو الدولية، جماعة داعش بارتكاب جرائم تطهير عرقي وديني ضد الأقليات التي تجتاح شمال العراق بمقاييس تاريخية. ووصف تقرير خاص الذي صدر في أواخر عام 2014 كيف استهدف داعش الطوائف الإسلامية غير السنية والطوائف غير العربية، وقتل وخطف مئات وربما آلاف المدنيين، وأجبر أكثر من عشرات الآلاف من الشيعة إلى جانب الأقليات الأخرى على الفرار من المناطق التي سيطر عليها منذ 10 يونيو 2014. وقد كانت الجماعات الشيعية الأكثر استهدافا في نينوى هم شيعة التركمان والشبك، الذين عاشوا معا لعدة قرون في محافظة نينوى.