اضطرابات المسلمين في سنجان خلال عهد الإمبراطور تونغتشي (1864–1877)، وتُعرَف أيضًا باسم تمرّد سنجان في عهد تونغتشي أو انتفاضة الويغور والهوي في سنجان، هي سلسلة تمردات اندلعت في مختلف مناطق سنجان خلال سنوات حكم تونغتشي من أسرة تشينغ، وتداخلت مع غزوات خانية خوقند (浩罕) والإمبراطورية الروسية. كان عدد سكان شمال سنجان سنة 1862 يبلغ نحو 468 ألف نسمة، لكنه انخفض بحلول سنة 1880 بنسبة 72.6% (أي نحو 340 ألف نسمة) بسبب المذابح والمجاعة والأوبئة والهجرة.
في شهر أبريل من السنة الثالثة من حكم تونغتشي (1864)، ثار مسلمو كوتشا (库车) وقتلوا الوزير المسؤول فيها والوالي (الحكيم بك). وبسبب تأثير تمرّد الهوي في شنشي وقانسو، اندلعت الانتفاضات في معظم مناطق سنجان خلال أشهر قليلة. قاد هذه الحركات أئمة الهوي (الصينيون المسلمون) وأئمة والأويغور وعموم الفلاحين، وشارك فيها أيضاً بعض الهان والقرغيز والقزاق (كازاخ). وبعد أن سيطر المنتفضون على الدواوين والمواقع العسكرية، اختاروا أئمتهم زعماء لهم وأقاموا سلطات محلية تجمع بين الحكم الديني والسياسي. ثم دخلت هذه الكيانات نفسها في صراعات واقتتال داخلي وضمٍّ متبادل. مع نهاية سنة 1865 (تونغتشي الرابعة)، كانت غالبية مناطق سنجان قد سقطت، ولم يبق في يد الدولة إلا طارباخاتاي (塔尔巴哈台) وكورقرأوسو (库尔喀喇乌苏) وباليكون (巴里坤) وهامي (哈密). في ذلك الوقت كان معظم جيش الشمال الغربي منشغلاً بقمع تمرّد الهوي في شنشي وقانسو، فلم يتيسر إرسال قوات إلى سنجان. استغلت روسيا الاضطراب فغزت طارباخاتاي وحوض نهر إرتيس، وفي تشرين الأول 1864 م أجبرت الجنرال في أورياستاي على توقيع «اتفاقية ترسيم الحدود الشمالية الغربية بين الصين وروسيا»، التي ضمّت روسيا بموجبها مساحات كبيرة شرق بحيرة بلخاش.
وفي أواخر سنة 1864، طلب المتمرّدون في كاشغر دعم خانية خوقند، ما أدّى إلى تدخل الجنرال الخوقندي يعقوب بيك (阿古柏). بين 1865 و1867 قاد يعقوب بيك قوات خوقند فأطاح بسلطات الانفصال المحلية جنوب تيانشان، وأقام في جنوب سنجان خانية جِتّيشَهر (哲德沙尔). وفي سنة 1871 استغلت روسيا ذريعة "الاستقبال بالنيابة" فاحتلت إيلي (伊犁). وفي سنة 1875 (مطلع عهد الإمبراطور غوانغشو)، كلّفت الدولة زو زونغتانغ (左宗棠)، حاكم شنشي وقانسو، بقيادة الحملة لاستعادة سنجان. وفي العام التالي تقدمت القوات الصينية غرباً واستعادت دِيهوا (乌鲁木齐). وفي سنة 1877 دمّرت القوات الصينية دولة يعقوب بيك واستعادت كل سنجان باستثناء إيلي، منهيةً اضطرابات استمرت أكثر من عشر سنوات. وفي سنة 1881 استعادت الصين إيلي عبر المفاوضات، وفي 1884 أعلنت سنجان مقاطعة صينية وألغت نظام البيكات (伯克) ونظام الحكومات العسكرية، وأُدخل نظام المقاطعات والولايات المتبع في الداخل.
يمكن تقسيم هذه الاضطرابات إلى مراحل رئيسة:
اندلاع التمردات في أنحاء سنجان ومقتل أو انتحار المسؤولين المحليين وانهيار القوات الحكومية.
تأسيس القوى المحلية المتمردة لسلطات انفصالية متعددة ودخولها في اقتتال داخلي.
غزو الروس لمناطق طارباخاتاي وتاتشنغ وغيرها، وإجبار الدولة على توقيع اتفاقية ترسيم الحدود.
غزو يعقوب بيك (الضابط العسكري في خانات خوقند، أحفاد عائلة خوجا من فصيل الجبل الأبيض) وقوات خوقند لسنجان وإسقاط مواقع الدولة جنوب تيانشان.
سيطرة يعقوب بيك على كامل الكيانات المحلية وإقامة دولة جِتّيشَهر.
الحملة الصينية لاستعادة سنجان، والسيطرة على كامل الإقليم عدا إيلي، والتقدم حتى وسط هضبة بامير.