يمثل الاستنساخ الفرعي أسلوباً ضمن مجالات علم الأحياء الجزيئي يُستخدم لتحريك جيناً بعينه من ناقلٍ مصدريٍ إلى ناقلٍ مستهدفٍ ، بهدف إجراء المزيد من الدراسة لوظيفيته.
وهنا لا يمكن الخلط بين كلٍ من الاستنساخ الفرعي والاستنساخ الجزيئي (بالإنجليزية: molecular cloning) والذي يُعَدُ أسلوباً مرتبطاً به.