اتفاق مانيلا وقعت في 31 يوليو 1963 من قبل اتحاد مالايا وجمهورية إندونيسيا وجمهورية الفلبين، وذلك بعد اجتماع من 7 إلى 11 يونيو 1963 في مانيلا.
بمبادرة من رئيس الفلبين ديوسدادو ماكاباجال، تم عقد الاجتماع لحل القضايا المتعلقة برغبات سكان شمال بورنيو وساراواك في سياق قرار الجمعية العامة للأمم المتحدة المبدأ 9 من الملحق، مع الأخذ بعين الاعتبار الاستفتاء في شمال بورنيو وساراواك الذي سيكون حراً وبدون إكراه.