لعبت الكنيسة الكاثوليكية خلال الهولوكوست دورًا في إنقاذ مئات آلاف اليهود من القتل على أيدي النازيين. أنقذ أعضاء الكنيسة مئات آلاف اليهود من خلال الضغط على مسؤولي المحور، وتوفير وثائق مزورة وإخفاء الناس في الأديرة والمدارس وبين عائلات ومؤسسات الفاتيكان نفسها. قدر المؤرخ والدبلوماسي الإسرائيلي بنشاس لابيد الرقم بين 700 ألف إلى 860 ألف، رغم أن هذا الرقم يعتبر محل خلاف.
واجهت الكنيسة الكاثوليكية نفسها الاضطهاد في ألمانيا خلال عهد نظام هتلر، وركزت المقاومة الألمانية الكاثوليكية المؤسسية ضد النازية بشكل كبير على الدفاع عن حقوق الكنيسة نفسها ومؤسساتها. كانت تميل المقاومة الأوسع نطاقًا إلى أن تكون مجزأة وكانت تقودها جهود فردية في ألمانيا، لكن القساوسة في كل بلد خاضعة للاحتلال الألماني لعبوا دورًا رئيسيًا في إنقاذ اليهود. كانت عقوبة مساعدة اليهود كبيرة جدًا وقُتل العديد من المُنقذين والذي كان يُحاوَل إنقاذهم من ضمنهم القديس ماكسيميليان كولبي، وجوزيبي غيروتي وبرنهارد ليشتنبيرغ الذين أُرسلوا إلى معسكرات الاعتقال.
دعا البابا بيوس الحادي عشر وبيوس الثاني عشر في بداية الهولوكوست إلى مناهضة العنصرية والحرب في منشورات مثل منشور بعنوان الكنيسة والرايخ الألماني (1937) والبابوية العليا(1939). أدان البابا بيوس الحادي عشر ليلة البلور ورفض الادعاءات النازية بالتفوق العرقي، قائلًا بدلًا من ذلك بأنه يوجد «عرق بشري واحد». استخدم خليفته البابا بيوس الثاني عشر الدبلوماسية لمساعدة اليهود، ووجه كنيسته لتقديم المساعدات السرية. في الحين الذي انتقد فيه البعض حذره الكامل، ندد خطابه الإذاعي بقتل «مئات الآلاف» من الناس الأبرياء على خلفية «الهوية أو العرق» وتدخل من أجل منع عمليات الترحيل النازية لليهود في عدة بلدان. عندما هاجم النازيون يهود إيطاليا، لجأ نحو 4715 من أصل 5715 من يهود روما في 150 مؤسسة كنسية، 477 منها في الفاتيكان نفسه وفي يناير عام 1944، فتح قصره في كاسيل غوندولفو، والذي استقبل في النهاية 12 ألف من اليهود وغير اليهود.
تحدث الأساقفة الكاثوليكيين في ألمانيا أحيانًا عن قضايا متعلقة بحقوق الإنسان، لكن الاحتجاجات ضد السياسات المعادية لليهودية كانت تميل لتكون عن طريق الضغط الخاص على وزراء الحكومة. بعد المنشور البابوي للبابا بيوس الثاني عشر بعنوان جسد المسيح الصوفي عام 1943 (والتي أدان فيها قتل ذوي الإعاقة ضمن برنامج القتل الرحيم الذي كانت تجريه النازية)، ندد إعلان مشترك من الأساقفة الألمان بقتل «الأبرياء والمعاقين عقليًا المسالمين (العُزّل) والعجزة والمرضى والضعفاء بشكل كبير والمصابين إصابات قاتلة، والرهائن الأبرياء وأسرى الحرب المجردين من السلاح ومرتكبي الجرائم والأشخاص من أصل أو عرق أجنبي». استخدم القساوسة الناشطين المقاومين والمشاركين في إنقاذ اليهود ومن ضمنهم الشهداء بيرنارد ليشتنبيرغ وألفريد ديلب، والعلماني غيرترود لوكنر ومارغريت سومر، الوكالات الكاثوليكية لمساعدة اليهود الألمان تحت حماية أساقفة مثل كونراد فون بريسينغ.
في إيطاليا، ضغط الباباوات على موسوليني ضد السياسات المعادية للسامية، في الحين الذي أنقذ فيه دبلوماسيو الفاتيكان الآلاف والذي كان من بينهم جوزيبي بورتسيو في سلوفاكيا، وفليبو بيرنارديني في سويسرا وآنجلو رونكالي في تركيا. اعترفت مؤسسة ياد فاشيم الإسرائيلية بكل من السفير البابوي إلى بودابست، آنجلو روتا، والسفير البابوي إلى بوخارست آندريا كاسولو. لعبت الكنيسة دورًا مهمًا في الدفاع عن اليهود في بلجيكا وفرنسا وهولندا، وكان ذلك بدعم من احتجاجات القادة مثل الكاردينال جوزيف إيرنست فان روي ورئيس الأساقفة جولز-جيرارد ساليغ ويوهانس دي يونغ. أدار الأسقف هيو أوفلاهيرتي عملية هروب لليهود والهاربين من الحلفاء من مكتبه في الفاتيكان. خبأ القساوسة والراهبات من جميع الرتب مثل اليسوعيين والفرنسيسكان والبنديكتين، الأطفال في أديرة الرهبان وأديرة القساوسة والمدارس. أنقذت جمعية راهبات الخدمة الاجتماعية الهنغارية التابعة لمارجيت شلاختا الآلاف. في بولندا، أنقذت منظمة زيغوتا الفريدة أيضًا الآلاف وآوت راهبات الفرنسيسكان التابعة للأم ماتيلدا غيتر مئات الأطفال اليهود الذين هربوا من وارسو غيتو. في فرنسا، وبلجيكا وإيطاليا، كانت الشبكات الكاثوليكية السرية نشطة بشكل خاص وأنقذت آلاف اليهود خاصة في وسط إيطاليا حيث كانت تنشط مجموعات مثل أسيزي، وفي جنوب فرنسا.