حقق قطاع إمدادات المياه والصرف الصحي في أوغندا تقدما كبيرا في المناطق الحضرية منذ منتصف التسعينيات وحتى عام 2006 على الأقل، مع زيادات كبيرة في التغطية فضلا عن الأداء التشغيلي والتجاري. شملت الإصلاحات القطاعية التي جرت بين عامي 1998 و2003 خصخصة وتحديث "المؤسسة الوطنية للمياه والصرف الصحي" (NWSC) العاملة في المدن والبلدات الكبيرة، بالإضافة إلى اللامركزية ومشاركة القطاع الخاص في البلدات الصغيرة.
حظيت هذه الإصلاحات باهتمام دولي كبير. ومع ذلك، ظلّ 38% من السكان محرومين من مصادر مياه محسّنة عام 2010. أما فيما يتعلق بالحصول على خدمات الصرف الصحي المحسّنة، فتتفاوت الأرقام بشكل كبير. فبحسب الإحصاءات الحكومية، بلغت النسبة 70% في المناطق الريفية و81% في المناطق الحضرية بينما لم تتجاوز 34% وفقا للأمم المتحدة
اعتُبر قطاع المياه والصرف الصحي مجالا رئيسيا في إطار خطة العمل للقضاء على الفقر لعام 2004، وهي الوثيقة الاستراتيجية الرئيسية لأوغندا لمكافحة الفقر. وقد تم وضع إطار إنفاق شامل لتنسيق الدعم المالي المقدم من الجهات المانحة الخارجية والحكومة الوطنية والمنظمات غير الحكومية. وقدّر برنامج تقييم الأثر البيئي أنه في الفترة من عام 2001 إلى عام 2015، كان هناك حاجة إلى حوالي 1.4 مليار دولار أمريكي إجمالا (92 مليون دولار أمريكي سنويا) لزيادة تغطية إمدادات المياه إلى 95 بالمائة.